Vojsko vedené národným hrdinom Williamom Wallacom síce 11. septembra 1297 v bitke pri Stirling Bridge porazilo armádu anglického kráľa Eduarda I., vzdorovať silnejšiemu nepriateľovi ale Škóti dlho nedokázali. Už o rok neskôr Wallace kvôli zrade škótskych rytierov osudovo prehral pri Falkirku a Eduardov plán na spojenie oboch krajín sa mohol začať napĺňať. Škótsky vodca sa ešte niekoľko rokov ukrýval, potom bol ale po zrade zatknutý a v auguste 1305 ho v Londýne surovo popravili.
Ani Wallacova smrť, ktorá z neho definitívne urobila jednu z hlavných postáv škótskeho panteónu, ale nepriniesla do vzťahov Anglicka a Škótska pokoj. V júni 1314 v bitke pri Bannockburne porazil Robert Bruce početnejšie vojská anglického kráľa Eduarda II., čo o 14 rokov neskôr viedlo k uznaniu škótskej nezávislosti Eduardom III. O necelé tri storočia neskôr, po smrti poslednej anglickej panovníčky z rodu Tudorovcov kráľovnej Alžbety I., na anglický trón zasadol škótsky kráľ Jakub VI. Stuart.
Začiatkom 17. storočia tak vznikla únia korún, obe krajiny mali jedného panovníka, ale vlastné parlamenty. Vďaka tomu ustali dlhoročné spory o hranice, Anglicko i Škótsko si nechali svoje zákony a samostatnú cirkev. O sto rokov neskôr bol ale škótskej samostatnosti na ďalšie stáročia koniec, keď v roku 1707 prijatím zákona o Únii krajina dobrovolne rozpustila snem a svojich poslancov vyslala do westminsterského parlamentu. Za to získala záruky autonómie právneho systému a cirkvi.
Usporiadanie, narušené iba pokusom o znovunastolenie Stuartovcov v roku 1746 (ktorého výsledkom ale bol iba dlhoročný zákaz nosenia klanových kiltov), vydržalo až do sklonku 20. storočia. V roku 1999 sa Škóti opäť dočkali vlastného parlamentu.