„Keď budeme na našom vidieku stále trpieť farárov, medze tam nerozorieme,“ vyhlásil na jeseň 1949 minister spravodlivosti Alexej Čepička, ktorý stál aj na čele štátneho úradu pre cirkevné záležitosti. Komunisti, ktorí v Československu tvrdou rukou vládli od februára 1948, sa v tom čase podľa sovietskeho vzoru snažili zakladať jednotné roľnícke družstvá, do tých sa však súkromne hospodáriaci a najmä bohatší roľníci vôbec nehrnuli. A príčinou tohto stavu mal byť podľa nich aj vplyv cirkvi.
Jednou z obcí, kde takzvaná kolektivizácia nešla podľa ich predstáv, bola aj Číhošť na českej Vysočine. Práve tam došlo v decembri 1949 k udalosti, ktorú režim využil ako zámienku pre represie. Mali nielen zastrašiť tých, ktorí odmietali vstúpiť do družstva, ale tiež pripraviť pôdu pre plánovanú postupnú likvidáciu cirkvi v Československu.
Číhošťský farár Josef Toufar bol v dedine obľúbený, ľudia za ním často chodili so svojimi problémami. Aj ohľadne kolektivizácie. Keď sa ho však pýtali, či majú do družstva vstúpiť, alebo nie, či je to dobrá vec, alebo zlá, vždy iba mlčky pokrčil ramenami. Do politiky sa miešať nechcel a už vôbec nemienil zasahovať do rozhodovania svojich farníkov v otázke vstupu do družstva. Vedel, že je to v tejto dobe chôdza po tenkom ľade.
„Ja sa o politiku nestarám. Mojou úlohou je šíriť slovo Pánovo a poskytovať útechu tým, ktorí ju potrebujú. Zapredávať sa nebudem, každú agitáciu odmietnem, nebudem čítať z kazateľnice žiadne vyhlásenia, ale nebudem ani štvať ľudí proti vláde. Nechcem boj,“ spomínala neskôr jeho neter Marie na slová, ktoré povedal v tých dňoch istému doktorovi Skácelovi z Prahy, ktorý ho navštívil.
Neznámy muž k nemu prišiel ako predajca kníh a strávil napokon na fare takmer celý deň. Odišiel tak nečakane, ako sa predtým objavil a o pár dní sa v Číhošti začali diať zvláštne veci.
„Dnes, 11. decembra 1949, počas tretej adventnej nedele som slúžil svätú omšu. Účasť veriacich vysoká. Kázal som o živom Ježišovi v nás. Počas kázne videlo devätnásť svedkov, ktorých som si vypočul, ako sa kríž na svätostánku pohol. Ja som nevidel nič, dozvedel som sa o tom od kováča Pospíšila,“ napísal po skončení liturgie do knihy Božích služieb.
O zázraku, za ktorý ľudia pohyb asi polmetrového kríža na oltári považovali, sa od nich dozvedel po omši. „Najprv sa naklonil doprava, potom doľava. Celkovo trikrát alebo štyrikrát,“ opisovali mu to. Josef Toufar neveril, že by sa také niečo mohlo stať. Bol presvedčený, že ľudia podľahli masovej sugescii a prosil ich, aby sa rozišli domov. Údajný zázrak ho však znepokojil. Netúžil po tom, aby sa jeho farnosť stala práve v tejto dobe a v takejto súvislosti stredobodom záujmu.
Lenže o dva týždne sa jav zopakoval a malá obec sa začala meniť doslova na pútnické miesto, čo neuniklo pozornosti štátnych orgánov. V januári začala udalosť vyšetrovať bezpečnosť. Strážmajster Antonín Goldbricht vypočul svedkov i kňaza, prezrel si aj inkriminovaný kríž a do hlásenia napísal, že „nenašiel žiadne stopy po zariadení, pomocou ktorého by bolo možné krížom manipulovať a aj svedkovia vylučujú, že by farár s krížom akokoľvek manipuloval“. Na adresu kňaza ešte uviedol: „Politicky sa vôbec neexponuje, prejavuje však kladný postoj k ľudovodemokratickému zriadeniu.“
O niekoľko dní Josefa Toufara odviedli príslušníci Štátnej bezpečnosti a skončil vo valdickej väznici. Od začiatku ho podrobovali tvrdým výsluchom. Vyšetrovateľom mal priznať, že zostrojil mechanizmus, ktorým počas omše pomocou špagátov, drôtov a gumičiek pohyboval krížom. Farár napriek opakovanému mučeniu takéto priznanie odmietal. Po necelom mesiaci sa zmenil na bezvládnu krvavú trosku.
V takomto stave ho 23. februára 1950 priviezli späť do Číhošti, kde mal pred kamerami ukázať, ako celý „zázrak“ zinscenoval. Propagandistický film nazvaný Beda tomu, skrz koho prichádza pohoršenie, na nakrútenie ktorého dal príkaz Alexej Čepička, mal na pozadí číhošťskej udalosti odhaliť „sprisahanie katolíckej cirkvi a Vatikánu proti ľudovodemokratickému zriadeniu v Československu“.
Nemé zábery, ku ktorým vo filme nahovorili príslušný komentár, ukazujú aj mechanizmus, ktorý mal pohnúť krížom. Zostrojili ho príslušníci ŠtB. Filmári však mohli s Josefom Toufarom natočiť iba asi dve minúty záznamu, viac mu jeho stav nedovolil. V kostole odpadol a v bezvedomí ho previezli späť do väzenia, kde ho v bezvedomí hodili do cely.
Keď ho na druhý deň chceli predviesť na ďalší výsluch, už to nebolo možné. Okamžite ho previezli do Prahy, kde sa ho v nemocnici pokúsili zachrániť. Doktor František Maurer, ktorý ho operoval, v roku 1968 spomínal, že Josef Toufar mal poškodené obličky a otravu krvi, spôsobenú ťažkým vnútorným krvácaním. Po celom tele mal podliatiny a najmä na tvári, hlave a nohách hlboké tržné a rezné rany a podľa lekára bolo na prvý pohľad jasné, že zranenia vznikli následkom surovej bitky.
Josefa Toufara sa už lekárom zachrániť nepodarilo a 25. februára 1948 zomrel.
Monsterproces, v rámci ktorého by verejne priznal, že číhošťský zázrak bol cirkvou riadený a ním pripravený podvod, sa tak nemohol uskutočniť. Plány komunistov to síce skomplikovalo, no neprekazilo. O niekoľko týždňov, v polovici apríla 1950 vtrhli príslušníci Štátnej bezpečnosti v rámci takzvanej Akcie K do kláštorov na celom území Československa a všetkých rehoľníkov a rehoľníčky internovali. Viacerých potom, spolu s kňazmi, v zinscenovanom procese odsúdili a poslali na dlhé roky do žalárov.